香港航空业及深圳船运业之间的竞争，除了令中华白海豚的生存环境受到威胁，也可能令港深两地出现摩擦。
深圳港铜鼓航道兴建於2000年，是进入深圳西部港口的主要通道，但由於该港口问题多多，一直制约了深圳西部港口的发展。深圳当局本来徵求香港许可，让航道通过香港水域，以便大型货船出入。但香港出於环境考虑，拒绝了此要求。
如今香港国际机场拟建第三条跑道，而深圳则计划建立另外一条航道，或与港方的新跑道冲突，可能引发双方摩擦。
深圳龙鼓西水道主要供中小型海运船只通行。市政府打算将该水道扩建，供全球最大型的集装箱船通行。但香港拟建的第三条跑道若落实兴建，对周边水域的高度限制将首次适用於内地水域，对附近通过的船只高度将有所限制，或导致深圳的计划告吹。
香港表示，通过龙鼓西水道的大部分船只都不超过50米高度限制，认为深圳当局没有必要担忧。但深圳打算浚深该水道，以令巨型集装箱船只航行。国际企业为减少成本，如今大都采用集装箱船只运货。
尽管香港与深圳联系紧密，两者却在多方面存在竞争，港口业务是其中之一。
深圳港一直致力与香港葵青货柜码头竞争。今年，深圳港货运量料将首次超过香港。
据深圳港口协会及香港港口发展局最新数据显示，今年前8个月通过深圳港（包括赤湾丶盐田及大铲湾）的集装箱数量同比上涨1.2%，达1526万二十英尺当量单位。与之相比，通过葵青码头的集装箱为1453万当量，下跌6.9%，早前码头工人罢工是原因之一。
深圳的港口距内地制造业中心珠三角较近，具有地理优势；同时，深圳方面也积极利用内地崛起所带来的机遇，提高效率并降低成本，以提升竞争力。
自1990年代初以来，深圳市政府一直与私人投资者合作，如李嘉诚旗下的和黄，相关投资额达数百亿，用於建设码头和其它港口设施。
但深圳港被九龙半岛分割为东西两部。东部码头包括和黄旗下的盐田港，一直蓬勃发展。西部码头主要由国有的招商局国际管理，由於存在通行限制问题，一直未能大力发展。不过，九龙仓集团旗下的现代货箱码头公司最近投资於西部的大铲湾码头。
深圳西部三大码头决意突破由铜鼓航道及龙鼓西水道造成的发展瓶颈。这三大码头的业务流失至盐田港（盐田港处理深圳4成货运量），也面临临近港口的竞争，例如广州西部的南沙港。广州市政府已投资巨额资金，改善港口航道，以争夺深圳西部港口的生意。
香港付货人委员会执行总干事何立基表示，由於龙鼓西水道不够深，大型船只无法通过，因此前往深圳西部的海运船只都需要绕经香港马湾海峡。随後深圳开通了铜鼓航道，但是由於各种限制，该航道利用率很低。
深圳当局於2000年初计划兴建铜鼓航道，以期船只无需再经由拥挤不堪的马湾海峡航行。当时深圳方面提出三项建议，无论任何一项，船只都需经过香港水域，至大屿山西南部地区，接近濒临绝种的中华白海豚栖息地。
深圳港口部门称，浚深水道与海上运输增加，都不会对海豚造成影响，但未能令香港环保部门信服，表示深圳当局未能提供足够证据支持其说法。
因此，铜鼓航道改道至大屿山西部，造成该航道出现多个急转弯，还有许多其他问题，包括水流湍急丶航行时间受限，且与通往广州港的伶仃航道重叠。
此後，环保份子一直指责港府批准兴建港珠澳大桥或计划新建第三条跑道时，对海豚栖息地均没有表现出同等的关注。
因此有人认为相关决定另有内情。
深圳市交通运输委员会发展规划处官员施惠生三年前在《魅力中国》杂志指出，香港环境保护署驳回铜鼓航道计划，是因为香港害怕竞争。
如今深圳打算突破港口发展瓶颈，以容纳全球最大型船只，令深港两地摩擦再起。深圳西部港口仅能容纳10万吨载重量的船只，而新一代货船可重达16.5万吨。
丹麦船运巨头马士基已购入20艘3E级集装箱船，该种船只载重量能达1.8万当量。马士基表示，巨型船只可带来规模经济效益，令公司节约35%的燃油成本。该公司将与全球另外两大集装箱船运企业法国达飞海运集团及MCS共享船只，预计将进一步降低8%的成本。
由於国际贸易增长放缓，导致船运业不景气。因此，运输船只体积越来越大，公司之间也倾向互相共享资源，这些趋势预计仍将持续。
深圳港务局已就扩宽铜鼓航道招标。施惠生表示，深圳当局也应考虑扩宽龙鼓西水道，与铜鼓航道相辅相成。
他表示，船只可通过铜鼓航道进入深圳西部，然後通过龙鼓西水道离开。
他表示，如此一来船只出入将更有序，且航行安全将得到保障，同时解决铜鼓航道与伶仃航道重叠的问题。
但高度限制仍是个问题。
广州中山大学跨境基础设施建设项目专家郑天翔教授表示，香港必须提出好的解决办法，确保香港基础设施建设不会有损深圳的经济利益。
他表示，深港两地政府未来有许多跨境项目要合作，如果香港此次令深圳受损，深圳下次可能报复香港。
但熟悉两地谈判的人士表示，港府无意令深圳受损。相反，香港机场管理局正研究方法，减少高度限制对龙鼓西水道的影响。该人士认为，深港两地有可能达致可行的解决方案。
实际上，一位资深海事官员表示，高度限制不太可能产生太大影响，因为无论进行何种浚深工程，龙鼓西水道都很难达到足够深度，让部分最大型的集装箱船通过。
该官员指出，龙鼓西水道最浅的部分不到10米，而10万吨载重量船只装货後需要的水深约20米，因此质疑深圳要花多少人力物力才能将该水道挖那麽深。
但广州市政府正是在南沙港进行这样的工程。南沙港原本仅几米深，市政府投资数百亿元浚深水道，令其足以容纳第七代载重达1.4万吨当量的货运船通过。
内地当局有资金丶有决心，似乎无所不能。
